Роден е на 2 юли 1955 г. в София.
Завършил е Висшия икономически институт в София по специалността „Финанси и кредит“. Специализира в областта на финансирането и социално-културните разходи в УНСС и в областта на реформите в здравеопазването в Чикаго, САЩ.
Кирил Ананиев започва работа в Министерството на финансите през 1980 г. Преминава през всички експертни длъжности, за да достигне до началник на Главно управление „Държавни разходи” и заместник-министър на финансите четири правителства в периода 1998-2017 г. Бил е също секретар по финансова политика в Администрацията на Президента на Република България (2009-2011 г.) и съветник към политическия кабинет на министър-председателя (2013-2014 г.).
Назначен е за служебен министър на финансите на 27.01.2017 г. с указ на президента Румен Радев.
От април 2017 г. отново е заместник-министър на финансите.
Избран е за министър на здравеопазването на 10.11.2017 г. от 44-ото Народно събрание.